Perioada din 1991 până în prezent. Marile răsturnări de situaţie din anii 1989-1991 în Republica Moldova au contribuit la creşterea considerabilă a interesului faţă de o istorie veridică a spaţiului dintre Nistru şi Prut. Cine suntem, de unde venim, încotro mergem? Aceste întrebări erau puse nu numai Pe paginile ziarelor şi revistelor, ci şi la meeting-uri şi cenacluri. Istoriografia oficială a fost învinuită de falsificarea istoriei. Începe un proces de editare în grabă a unor lucrări ale istoricilor români din perioada interbelică (N. Iorga, I. Nistor, AL. Boldur, St. Ciobanu etc.) şi a celor contemporani (Gh. Platon, N. Grigoras, I. Caproşu şi C. Stoide. St. S. Gorovei etc.). În 1989-1990 acad. Artiom Lazarev Publică o serie de articole în care scoate în evidenţă unele „pete albe” în istoria Moldovei: exagerarea în istoriografia sovietică a rolului slavilor în spaţiul carpato-nistrean, urmările nefaste ale anexării Basarabiei la Rusia în 1812, politica de rusificare a ţarismului în Basarabia, importanţa creării Republicii Democratice Moldoveneşti din 1917, dezmembrarea teritoriului Basarabiei de către conducerea sovietică în 1940 etc. Cea mai mare parte a istoricilor (mai ales din generaţia tânără şi medie) refuză să mai susţină vechile dogme ideologice şi se situează Pe poziţii reformiste. Din iniţiativa acestor istorici sunt fondate revistele „Patrimoniul", „Cugetul", apoi „Destin Românesc" (din 1994, apare cu sprijinul Fundaţiei Culturale Române), care Publică articole şi materiale în Probleme generale de istorie, documente ale timpului, propagă personalităţi de vază din istoria neamului.
Sub impactul noilor procese din societate, are loc şi polarizarea colectivului Institutului de Istorie al A.Ş.M. Începând cu anul 1990, institutul editează „Revista de istorie a Moldovei", care încearcă să prezinte evenimentele şi fenomenele istorice de pe poziţiile liberului cuget. Concomitent, institutul a reacţionat la cerinţele timpului prin intensificarea cercetării istoriei naţionale. În acest scop, începând cu anul 1991, institutul şi-a reorganizat structura şi forţele, şi-a schimbat direcţiile şi problemele de cercetare. Cercetătorii institutului se sprijină în investigaţiile lor pe principiile metodice şi metodologice ale şcolilor istorice europene de prestigiu. Este adevărat că în unele articole publicate în primii ani după 1991 se profilase şi o tendinţă de negare completă a rezultatelor cercetărilor istorice din perioada regimului totalitar, ceea ce poate fi calificat drept o reacţie mai curând emotivă a unor istorici la multiplele manipulări privind istoria naţională în scopuri politice, atât de abuzive în trecut, dar nedepăşite complet după 1991.